１．常染色体の遺伝のしくみ

　RRE.Aをはじめとする、主に体色に大きく関わるのが常染色体の遺伝子である。常染色の遺伝子は、♂親♀親からそれぞれ半分ずつもらうと考えると解りやすい。この時に、優性遺伝と劣性遺伝の違いがあるのですが、優性の場合は♂♀のどちらか一方から遺伝子をもらえばそれが子に表現されるが、劣性の場合は♂♀両方からその遺伝子をもらわないと表現できない。RRE.Aも劣性遺伝であるが、RRE.Aの個体を(a,a)（←ホモ接合体）と表現することがある。小文字は劣性であることを意味し、２つあるのは両親から一個ずつもらうという意味で便宜上、こう表現する。RRE.A同士の交配では、両親共(a,a)であるから、子の遺伝子構成は(a,a)以外にはならないので、生まれる子は全てRRE.Aとなる。では、RRE.Aとノーマル体色（グレイ体色）の交配では子の表現はどうなるのだろうか？
　まず、ノーマル体色の個体を（Ａ，Ａ）と表現する。（劣性のa,を持っていないという意味）。(a,a)×(A,A)の交配結果は、片親からa,もう一方からAをもらうので、子は(a,A)（←ヘテロ接合体）という遺伝子構成となる。劣性aは、半分だけではその発色を表現できないので(a,A)の個体の表現はノーマル体色となり、RRE.Aの子は生まれない。そして、今度はこの見た目はノーマルで(a,A)という個体同士を交配すると、(a,A)×(a,A)であるから、子の遺伝子構成は(a,a)と(a,A)と(A,A)の３パターンで、出現率は１：２：１となり、RRE.Aは２５％出現することになる。
　
　 　　RRE.A同士→(a,a)×(a,a)→すべて(a,a)→　　　　すべてRRE.A
　　　　
　　　 RRE.Aとノーマル→(a,a)×(A,A)→すべて(a,A)→すべて見た目ノーマル（ヘテロ）

　　　　ヘテロ同士→(a,A)×(a,A)→(a,a),(a,A),(AA)→　(a,a)=RRE.A２５％
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　(a,A)=見た目ノーマル50%
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　(A,A)=ノーマル25%　　
　　　　
　　　　RRE.Aとヘテロ→(a,a)×(a,A)→(a,a),(a,A)→　　(a,a)=RRE.A５０％
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　(a,A)=ヘテロ５０％

という感じである。これは劣性遺伝の場合で、優性はロングフィンのところで後述する。

２．性染色体の遺伝のしくみ

　常染色体の遺伝は雌雄の違いは無いのですが、性染色体の遺伝子はその名のとおり♂♀によって遺伝の仕方が違ってくる。性染色体の遺伝子はＸ，Ｙで表され、グッピーの場合♂は（Ｘ，Ｙ）、♀は（Ｘ，Ｘ）という構成である。このＸ，Ｙにグラスやモザイクといったような品種を表す遺伝子があり、その組み合わせによって多種多様なグッピーが作られる。Ｙという遺伝子は概ね体色に影響を及ぼすものが多く、アクアマリンやコーラル、ギャラクシー等。対して、Ｘは尾びれを構成するものが多いとされているが、グッピーの遺伝子は頻繁にＸ，Ｙ間を移るし、支配領域も明確でないので、基本形として認識しておいた方がいい。
　
　ここで♂♀を交配した時に、Ｘ，Ｙがどのように移動するか考えてみましよう。

♂（Ｘ１、Ｙ）、♀（Ｘ２、Ｘ３）とすると、
　　　　
（Ｘ１，Ｙ）×（Ｘ２，Ｘ３）→�@（Ｘ１，Ｘ２）、�A（Ｘ１，Ｘ３）、�B（Ｘ２，Ｙ），�C（Ｘ３、Ｙ）の４種類となる。
　
　�@と�Aは（Ｘ，Ｘ）の組み合わせであるから♀となるが、注目するべきはどちらも♂が持っていたＸと、♀が持っていたＸで構成され、元の♀親と同一の遺伝子構成ではない点である。
　同様に�Bと�Cは♂となるが、いずれも♀の持っていたＸで構成され♂親と同じではない。さらに、�Bと�Cはそれぞれ♀親の持っていたＸ２とＸ３で構成されているので同一ではない。Ｙについては、最初から１つしかないので�B、�C、♂親とも同じである。
　よく子を採ったら親とは少し違う子になったというのを聞くが、親と全く同じ遺伝子構成の子は生まれないので、これは当たり前の話である。俗に言う、固定率の高い品種というのは、この３つのＸ染色体がほぼ同一のもので構成されている状態で、この場合は比較的安定して親魚と同じ子が採れることになる。

　次に、�Bの♂と�@の♀を交配してみると、

�B（Ｘ２，Ｙ）×�@（Ｘ１，Ｘ２）→�@’（Ｘ１，Ｘ２）、�A’（Ｘ２，Ｘ２）、�B’（Ｘ１，Ｙ）、�C’（Ｘ２，Ｙ）となる。

　注意して見てみると、�C’は親魚である�Bと同じであり、�B’は元の♂親と同じである。さらに、�A’の♀は（Ｘ２，Ｘ２）で同じＸで揃っていて、これと�Bの♂と交配するとＸは全てＸ２で統一される。
　基本的にＹは♂から♂へ遺伝するが、Ｘは♂♀間を移動し続けていることになる。先祖がえりなどという言葉を聞くことがあるが、これは一旦離れた遺伝子が交配を続けることによってたまたま戻ってきただけで、よく考えれば別に不思議なことではない。理解するまでは難しいかもしれませんが、覚えてしまえば以外と単純なことなので是非覚えておきたい。

　アクアマリングラスの♂とモザイクの♀を交配してみる。

アクアマリングラス♂を（Ｘグ、Ｙア）、モザイク♀を（Ｘモ、Ｘモ）とすると、（←Ｘモは同一のものとする）

（Ｘグ、Ｙア）×（Ｘモ、Ｘモ）→�@（Ｘグ、Ｘモ）、�A（Ｘグ、Ｘモ）、�B（Ｘモ、Ｙア）、�C（Ｘモ、Ｙア）となる。

　この場合、採れるのは♂は（Ｘモ、Ｙア）でアクアマリンモザイクとなり、♀は（Ｘグ、Ｘモ）で見た目はモザイクになる。（これはグラスとモザイクは上下関係がありグラスは表現されない為）

次に、この♂と♀を交配すると、

（Ｘモ、Ｙア）×（Ｘグ、Ｘモ）→�@’（Ｘモ、Ｘグ）、�A’（Ｘモ、Ｘモ）、�B’（Ｘグ、Ｙア）、�C’（Ｘグ、Ｘモ）となり、

�@’は見た目モザイクの♀（グラス遺伝子を持っている）、�A’はモザイク♀、�B’はアクアマリングラス♂、�C’はアクアマリンモザイク♂である。この場合、�C’と�A’を交配すればその後はずっとアクアマリンモザイクが出現し、一応固定されるが、�@’の♀を使うとアクアマリンモザイクとアクアマリングラスが出続ける。

　どのように交配するかは好みの問題であるが、無造作に交配を繰り返すのではなく、ある程度狙いをつけて交配すると以外と楽しいので是非いろいろ試してほしい。

３．常染色体の遺伝子
　
　リアルレッドアイアルビノ
　　　現在、最も多くの品種のバリエーションとして普及している遺伝子だと思われ
　　る。体色は色素が少なく白に近い色になり、目は名前が示すとおり赤くなる。以
　　前は、弱いとか繁殖しにくい、大きくならないとか言われていたが、最近のもの
　　はノーマルと比べてもほとんど違わない気がする。ただ、視力が弱いらしく捕食
　　が下手なのでそこら辺を気をつければ良いと思う。

　　ブルー
　　　　ブルーグラスに代表されるブルー○○というグッピーが持っている不完全優
　　　性の遺伝子。詳しくは後述するが、ヘテロの状態の時にブルーを発色し、ホモ
　　　で揃うと色や柄はほとんど表現されず、ブラゥと呼ばれる青白いグッピーになっ
　　　てしまう。

　　ドゥンケル
　　　　ブルーでは、ホモになると青白い発色しかできないが、ドゥンケルの場合はホ
　　　モでいわゆるブラゥレッドテールを表現することができる。他の遺伝子と組み合
　　　わせて今まで出来なかった発色などを作れる可能性のある遺伝子。でも滅多
　　　に見かけない。

　　タイガー
　　　　鱗が黒く縁取られて、ぱっと見は黒いグッピーに見える。ちょっと人気薄か
　　　な。

　　ゴールデン
　　　　体色は黄色っぽい感じで、目は赤くならない。ゴールデンを使うと体が大きく
　　　なるというウワサがある。ドイツイエローやレッドテールなどと相性が良いらし
　　　い。

　　アルビノ
　　　　　体色はリアルレッドアイとよく似ているが、目はそれほど赤くならない。リア
　　　　ルレッドアイはブルー系にしても綺麗に青を発色するが、アルビノでは青が
　　　　綺麗に発色されず、アルビノブルー○○と言うグッピーはあまり見かけない。
　　　　代表的なのは、何と言ってもアルビノレッドテールだろう。

　　ソリッド
　　　　　エルドラドやミカリフなどに見られる、♂の体をメタリックに塗りつぶす遺伝
　　　　子らしい。いじったことがないのでよく解らないですが、ヒレは柄が入りににく
　　　　く大きなデルタテールにはなりにくいようである。ミカリフは非常に活力があっ
　　　　て大きいものが多いらしい

　　　※リボン、スワロー、Ｆａについては後述する。

４．性染色体の遺伝子

実際はかなりの数の遺伝子がありますが、ここでは代表的なものを紹介します。